个人简介
李昊阳博士，西湖大学工学院人工智能系助理教授、博士生导师。李昊阳于2025-2026年在美国斯坦福大学医学院从事博士后研究；于2025年在沙特阿卜杜拉国王科技大学（KAUST）获得计算机专业博士学位。在攻读博士期间，在美国耶鲁大学和斯坦福大学担任访问学者。2018年和2021年在吉林大学软件学院和计算机科学与技术学院分别获得本科和硕士学位。
研究方向
课题组围绕AI Virtual Organ（AIVO）的目标展开：真实病人器官的生成式计算化身，那些无法在病人身上提出的问题，可以在它身上以 in silico 的方式被提出。它沿着一条严格递进的能力主轴生长，从 Descriptive（器官现在是什么状态）到 Predictive（接下来会怎样，以及在扰动下会怎样），再到 Prescriptive（我们应该怎么做）。课题组沿五条并行的前沿推进这一愿景：
（1）多模态空间生物学。在 H&E、空间组学、医学影像与临床文本之间进行对齐与互译，使昂贵的、乃至物理上无法测量的模态，能够从组织最廉价、最普遍的那一重投影中被推断出来。
（2）三维空间生物学。从二维切片重建整器官的三维体积，并建模从分子到细胞、到 niche、再到组织的逐层涌现。
（3）时序空间生物学。把破坏性的一次性快照转化为连续轨迹，预测组织在时间、损伤与扰动下如何演化。
（4）物理空间生物学。将力学、守恒律与输运方程作为先验编码进模型，使虚拟器官不只是"看起来合理"，而是在物理上自洽。
（5）下游应用。精准肿瘤学、in silico 药物筛选、组织衰老与再生医学，每一项都把此前无法测量、无法验证的问题，转变为可计算的问题。
李昊阳博士现已在Nature Machine Intelligence、Nature Communications、Science Advances、Bioinformatics、IEEE TMI和MICCAI等顶级期刊和会议上发表20余篇论文，其中8篇为第一作者，包括多篇Nature Communications（2023, 2024, 2025）、Bioinformatics（2022）和MICCAI（2020）等。其中一篇Nature Communications一作论文被编辑选为Editor’s Highlight，并入选“生物技术和方法”领域50篇最佳论文。李昊阳博士现担任Frontiers in Public Health和 BMC Bioinformatics等多个期刊的Associate Editor和Guest Editor，也担任Nature Biomedical Engineering、Nature Communications、Genome Biology、Genome Research、Bioinformatics、ICML、NeurIPS、ICLR、MICCAI等期刊和会议审稿人。
代表论文
1. Haoyang Li; Qinan Hu; Zhaowen Qiu; Hui Xiong; Yuhui Hu; Xin Gao; STP: single-cell partition for subcellular spatially-resolved transcriptomics, Nature Communications, 2025, 16(1): 4665
2. Haoyang Li; Yingxin Lin; Wenjia He; Wenkai Han; Xiaopeng Xu; Chencheng Xu; Elva Gao; Hongyu Zhao; Xin Gao; SANTO: a coarse-to-fine alignment and stitching method for spatial omics, Nature Communications, 2024, 15(1): 6048
3. Haoyang Li; Juexiao Zhou; Zhongxiao Li; Siyuan Chen; Xingyu Liao; Bin Zhang; Ruochi Zhang; Yu Wang; Shiwei Sun; Xin Gao; A comprehensive benchmarking with practical guidelines for cellular deconvolution of spatial transcriptomics, Nature Communications, 2023, 14(1):1548 (Editor’s Highlight)
4. Haoyang Li; Hanmin Li; Juexiao Zhou; Xin Gao; SD2: spatially resolved transcriptomics deconvolution through integration of dropout and spatial information, Bioinformatics, 2022, 38(21): 4878-4884
5. Haoyang Li; Juexiao Zhou; Yi Zhou; Jieyu Chen; Feng Gao; Ying Xu; Xin Gao; Automatic and interpretable model for periodontitis diagnosis in panoramic radiographs, Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI) 2020, Lima, Peru (virtual).
联系方式
电子邮箱：lihy@westlake.edu.cn
李昊阳教授课题组持续期待优秀人才的加入，包括博士后、博士生、科研助理、访问学生等。欢迎任何相关专业的同学（包括但不限于数学、物理、统计、计算机、医学、生物等专业）申请。课题组的研究方向致力于构建 AI虚拟器官，聚焦多模态、三维、物理与时序的空间生物学，旨在突破观测性研究的固有局限，实现疾病演化预测与个体化干预决策。总体而言，课题组构建的是生成式、物理信息驱动的模型，能够跨模态互译、三维重建器官、并将组织状态沿时间与扰动方向外推。因此，我们希望招收具备以下基础的学生：机器学习（生成模型、表征学习、图与几何深度学习）、应用数学或物理（最优传输、微分方程、连续介质力学），或定量生物医学（空间组学，病理学，医疗影像）。课题组将结合申请人的研究兴趣、背景、以及个人能力，针对每一位同学，个性化制定围绕的研究项目。
请实验室感兴趣的同学，发送邮件至lihy@westlake.edu.cn邮箱咨询，邮件标题：学校+姓名+博士/博后/访问学生/助研申请，附上简历、个人陈述以及其他证明材料。
