个人简介
徐小婵于2013年在武汉大学获得计算与信息科学学士学位。2013年至2019年在北京大学汤超实验室学习，获得整合生命科学博士学位。2019年至2024年在丹麦Niels Bohr Institute和reNEW从事关于不同细胞类型通过相互作用产生时空自组织现象的理论研究，其研究结果可用于发育、再生和免疫等领域。2024年8月加入西湖大学，担任副研究员，目前主要的研究兴趣是器官形成的数学模型及其应用。
研究方向
器官形成需要从细胞命运决定、细胞比例、形态发生等多个方面进行调控。发育和再生过程中，一群几乎相同的前体细胞如何在短时间内精确调控不同的功能模块并自发地组织形成正常有功能的器官，是从基础研究到干细胞医药领域都亟需解决的问题。徐小婵博士从以下三个方向研究器官形成的复杂性：
1. 结合生物图像数据和多组学数据整合分析，构建数学、物理语言和理论框架还原器官形成的动态过程。
2. 建立大型可预测性数学模型研究器官形成过程中细胞命运决定和形态发生的相关性，发现器官形成的基本理论原理和机制。
3. 将数学模型应用于优化类器官诱导策略、药物筛选策略和疾病智能诊断。
代表论文
1. Xu, X., Nielsen, B.F., Sneppen, K. (2024). Self-inhibiting percolation and viral spreading in epithe- lial tissue. eLife 13, RP94056.
2. Xu, X., Seymour, P.A., Sneppen, K., et al. (2023). Jag1-Notch cis-interaction determines cell fate segregation in pancreatic development. Nature Communications 14 (1), 348.
3. Bai, Y., Yang, Z., Xu, X., et al. (2023). Direct chemical induction of hepatocyte-like cells with capacity for liver repopulation. Hepatology 77 (5), 1550-1565.
4. Yang, Z.#, Xu, X.#, Gu, C., et al. (2022). Chemical Pretreatment Activated a Plastic State Amenable to Direct Lineage Reprogramming. Frontiers in cell and developmental biology 10, 865038.
5. Xu, X.#, Yang, W#., Tian, B., et al. (2021). Quantitative investigation reveals distinct phases in Drosophila sleep. Communications biology 4, 1-11.
6. Zhao, H., Zhang, Y., Xu, X., et al. (2021). Sall4 and Myocd empower direct cardiac reprogramming from adult cardiac fibroblasts after injury. Frontiers in cell and developmental biology 9, 386.
7. Yang, Z.#, Xu, X.#, Gu, C.#, et al. (2020). Chemicals orchestrate reprogramming with hierarchical activation of master transcription factors primed by endogenous Sox17 activation. Communica- tions biology 3, 1-10.
8. Zhao, T., Fu, Y., Zhu, J., Liu, Y., Zhang, Q., Yi, Z., Chen, S., Jiao, Z., Xu, X., Xu, J., Duo, S., Bai, Y., Tang, C., Li, C., and Deng, H. (2018). Single-cell RNA-seq reveals dynamic early embryonic-like programs during chemical reprogramming. Cell stem cell 23, 31-45.
联系方式
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